Ancak her sektörde olduğu üzere Topraksız Tarım Sektöründe de birçok olumsuz işletme maliyetleri bulunmaktadır : Su kaynakları , işgücü maliyeti , enerji maliyeti vb.

Seraların en önemli unsurlarından olan, ortamın ya da bitkilerin ısıtılmasında jeotermal yada kazanla ısıtma yapılan sıcak sular ya doğrudan kalorifer tesisatına verilmekte, ya da sıcak sular yardımı ile hava ısıtılarak ısıtılmış hava seralara verilmektedir.

Son yıllarda seraların ısıtılması amacıyla jeotermal suların kullanımı sonucunda ortaya çıkan atıkların çoğu kez yeterli önlem alınmadan doğaya boşaltılması gittikçe artan boyutlarda bir çevresel kirlilik sorununu gündeme getirmektedir. Havası, suyu ve toprağı bozulmuş ortamlarda yaşayan insan ve diğer canlılar bu durumdan olumsuz yönde etkilenmektedir. Bu atıklar besin zinciri ve hidrolojik çevrim gibi yollarla, bir ortamdaki kirlilik değerini de etkilemektedir .

Özellikle eski tip jeotermal santrallerde uygun planlama ve tasarımların yapılmaması durumunda, çekilen akışkanın debisine ve bileşimlerine bağlı olarak jeotermal enerji nin kullanımı bazı çevre sorunlarına yol açmaktadır  Bu sorunlar arasında tarımsal açıdan en önemlisi hava, su ve toprak kirlenmesidir .